Une ère de fragmentation politique et de conflits (1477-1568)
Localisation des provinces du Japon médiéval.
Au sortir de la guerre d'Ōnin, le Kinai, comprenant Kyoto et les provinces l'entourant, restait plongé dans des troubles graves. Une des étincelles ayant allumé le conflit qui avait consumé le pays, la rivalité au sein du clan Hatakeyama, n'avait toujours pas été éteinte, et les deux branches rivales poursuivirent leurs luttes, désormais circonscrites dans le sud de la province de Yamashiro, y provoquant de nombreux dégâts. Les populations locales, déjà exaspérées quelques années auparavant par l'augmentation des taxes, qu'elles avaient faites annuler par leur mobilisation, organisèrent en 1585 une ligue qui monta une armée, forçant les deux branches des Hatakeyama à se retirer.
La ville de Kyoto avait été ravagée au début de l'ère d'Ōnin, et ses principaux pouvoirs politiques étaient impuissants à se faire entendre dans les provinces. Le pouvoir shogunal était depuis plusieurs décennies en déclin, et la charge de kanrei, administrateur du gouvernement et maître effectif de la cour du shogun, était transmise au sein du puissant clan Hosokawa, établi dans plusieurs provinces autour de la mer intérieure de Seto. Le shogun Yoshimasa termina sa vie en 1490 dans son domaine de Higashiyama sans jamais revenir à la vie politique. Le shogun régnant, Yoshihisa, tenta vainement de jouer un rôle politique, lorsqu'il dirigea en 1487 une armée dans la province d'Ōmi contre Rokkaku Takayori, qui avait pris des domaines de la cour et des temples de la capitale, mais il échoua et mourut peu après.
Estampe de Utagawa Kuniyoshi intitulée « Igagoe katakiuchi » (« Vengeance au passage d’Iga ») au Museum of Fine Arts de Boston.
La lutte autour du shogunat héritier se poursuivit néanmoins, ce pouvoir restant celui sur lequel comptaient s'appuyer ceux qui avaient pour ambition de dominer la scène politique du Kinai voire celle du pays. Le clan Miyoshi était désormais dominé par Miyoshi Nagayoshi (1522-1564), fils de Motonoga, précédemment mis à mort et gouverneur de la province de Settsu, qui parvint progressivement à rétablir son influence : il vainquit en 1547 le seigneur de la guerre de la province voisine de Kawachi, Kizawa Nagamasa, puis il parvint à Kyoto et défit Hosokawa Harumoto en 1549. Ce dernier tenta avec le shogun Yoshiteru un retour trois ans plus tard, mais ils échouèrent. Nagayoshi était dès lors détenteur du pouvoir à Kyoto et ses alentours, où il installa ses collatéraux et vassaux, s'implantant de son côté à Iwori dans la province de Kawachi, où il avait évincé ce qu'il restait du clan Hatakeyama. Mais il délaissa à partir de 1560 les affaires politiques et militaires au profit d'un de ses vassaux, Matsunaga Hisahide (1510-1577), dont la base était située dans le Yamato, qu'il avait lui-même soumise, et qui étendit à son tour son influence sur tout le Kinai.
Les intrigues de Hisahide provoquèrent notamment la mort d'un des frères de Nagayoshi, peu avant le décès de ce dernier en 1564, et il entra en rivalité avec le neveu et successeur de celui-ci, Yoshitsugu, qui tentait de préserver l'influence des Miyoshi. En 1565, Hisahide provoqua le suicide du shogun Yoshiteru et intronisa Yoshihide, qui ne put même pas rentrer dans Kyoto, alors en proie à de grands troubles, marqués notamment par l'incendie du Tōdai-ji (Temple dédié à Boudha) par les troupes de Hisahide qui y pourchassaient des vassaux des Miyoshi. Un autre membre des Ashikaga, Yoshiaki, avait entre-temps revendiqué le poste de shogun et fait appel au principal daimyō des provinces du Tōkai, Oda Nobunaga, qui investit Kyoto en 1568, forçant Hisahide à se soumettre et le renvoyant dans son domaine du Yamato. C'est le début d'une nouvelle période pour le Japon.
Bâtiment principal (Daibutsu-den) du Tōdai-ji.